Avrupa'da yaşlı kıtayı yıllarca kasıp kavuran Napolyon Savaşları'nın 1805 yılındaki "Üçüncü Koalisyon Savaşları" yaşanıyordu. Genel duruma bakıldığında Trafalgar Muharebesi ile Fransız Donanması'nı bozguna uğratan İngilizler dünyanın en büyük deniz gücü olma yolunda emin adımlarla ilerlerken, Napolyon Bonapart Austerlitz Savaşı ile karada üstünlük kazanarak Üçüncü Koalisyon Savaşları'nı galip olarak kazanmış ve Fransız ordusu dünyanın en önemli kara savaş gücü haline gelmişti.
Başarıları nedeniyle herkesin örnek aldığı Fransız ordusu 18. yüzyıl sonlarında askeri reform atılımları dikkat çeken Osmanlılar'ın da örnek aldığı bir ordu olmuştu; Osmanlı Devleti ile Fransa arasında zaten Kanuni döneminde başlayan bir yakınlık vardı; bu yakınlık hiç bir zaman tam bir itifak olarak devam etmese de istihbarat alış verişi veya 1683-1699 yılları arasındaki Osmanlı-Kutsal İttifak Savaşları'nda XIV. Louis' nin Avrupa'da Osmanlı lehine oynadığı denge rolü gibi durumlarda işe yarıyordu. Osmanlı'nın Fransa ile olan eski bağları gibi Napolyon ile de önceden dostluğu olan III. Selim, Fransa'nın İstanbul sefiri General Sebastiani'nin (Horace François Bastien Sébastiani de La Porta) ricası üzerine Eflak ve Boğdan'daki Rus yanlısı olarak bilinen Fener Beylerini değiştirmiş ve yerlerine Fransız yanlılarını tayin etmişti. Peşinden Boğazlar da Rus gemilerine kapanmış ve Ruslara kapanan Boğazlar'ın özellikle Fransız gemilerine açıldığı bildirilmişti. Napolyon buna karşılık olarak padişaha kesinlikle yardım edeceğini, 1804'te başlayan ve devam etmekte olan Sırp İsyanı'nı da bastıracağını bildirdi. Osmanlı Devleti böylece açık açık Fransa'nın safında yer tutmuş oldu.
Bunun üzerine Ruslar ve İngilizler Osmanlı Devleti'ne ortak bir ültimatom verdiler.Bu ültimatomda:
Fransa ile ilişkilerin kesilmesi
Donanmanın ve Çanakkale istihkamlarının İngilizlere teslim edilmesi
Eflak ve Boğdan'ın Rus kontrolüne verilmesi istendi.
Osmanlı Devleti bu ültimatomu reddetti ve akabinde çoktan Eflak ve Boğdan üzerine yürümeye başlamış Ruslara savaş açıldı, 1806-1812 Osmanlı-Rus Savaşı başlamış oldu. İstanbul'daki İngiliz büyükelçisi ise şehri terketti ve Bozcaada önlerinde demirlemiş bulunan Amiral Sir John Thomas Duckworth komutasındaki İngiliz Donanması'na katıldı. Birinci Amiral Duckworth ve 2. Amiral Sidney Smith komutasındaki 8 büyük gemi, iki korvet, iki kalyon ve çok sayıda tekneden oluşan İngiliz Donanması'nın yanında Amiral Senyavin'in komutasında Rus gemileri de bulunmaktaydı. Bir diğer Rus Donanması da Karadeniz'de hazır bekliyordu. Osmanlı Donanması'nın ise Marmara'da beklemekten başka çaresi yoktu. Boğazlar'ı sadece karadaki topçu bataryaları koruyordu, donanma uzun süredir buraları koruyacak güçte değildi. Kara bataryaları yönünden ise İstanbul Boğazı çok güçlü iken Çanakkale boğazı o kadar güçlü değildi, General Sebastien buradaki bataryaların yanına 10 gemilik bir kuvvet de eklenmesi gerektiğini belirtmiş, Kaptan-ı Derya Seyit Ali Paşa ise bu öneriye katılmamış, İngiliz Donanması'nın Çanakkale Boğazı'nı hiç bir şekilde geçemeyeceğini iddia etmiştir.
Gergin bekleyiş sürerken Ruslar önce Sinop'a bir akın düzenleyip limandan açılan ateş karşısında geri çekildiler, bir diğer Rus filosu ise Trabzon'u bombaladı. Bu sırada Osmanlı başkentinde Padişah III.Selim henüz 1804 Kanunnamesi'nin kararlarını beklemekte idi, Nizam-ı Cedit karşıtlarıyla mücadele de sürüyordu. Donanmada gerekli ıslahat yapılamamıştı; 1803-1807 yılları arasında donanmanın başına geçen dört Kaptan-ı derya'dan sonuncusu da Seyit Ali Paşaydı. Bozcaada önlerinde bekleyen İngiliz donanması düşündüğü harekatı hızla gerçekleştirmişti; 11 Şubat 1807'de Bozcaada'dan ayrılmışlar, 14-15 Şubat günlerinde tabyalardan korkup tereddütte kalmışlar ve sonunda 19 Şubat günü buradaki Osmanlı gemilerini de yok ederek Çanakkale Boğazı'nı geçmişlerdi. İngiliz Donanması'nın Çanakkale'yi geçtiği bu gün o yılın Ramazan Bayramı'nın son günüydü. Boğazı geçerken özellikle yanlarında bulunan Amiral Dimitry Senyavin komutasındaki Rus filosu akıllıca manevralarla harekatı hızlandırmıştı. Çanakkale bataryalarının başında bulunan Osmanlı askerleri çabucak dağılmış, gemilere karşı koyamamış, sadece ufak bir Türk gemisi İngilizler'in Boğaz'ı geçtiğini İstanbul'a iletebilmişti. Haber üzerine İstanbul'un İngiliz Donanması tarafından baştan aşağı yakılacağından korkulur olmuştu. III. Selim Divan-ı Hümayun'u topladı ve Divan, İngiliz tekliflerinin kabul edilmesini kararlaştırıldı. İngiliz Amirali karaya ayak basmış, müzakereler başlamıştı.
Sebastiani ise İngilizlerin ellerinde kara ordusu olmadan hiç bir şey yapamayacağını düşünüyordu. Çanakkale Boğazı hemen güçlendirilirse İngilizler esir alınabilirdi, nasıl olsa kendi kendilerini Marmara'ya hapsetmişlerdi.
İngiliz Donanması bir iki kere şehrin önlerine geldi. Ama bu hareketler bekledikleri gibi bir korkuya veya telaşa değil, hiddet ve azme yol açmıştı. Müslüman ve Hristiyan, tüm şehir sakinleri gereğinde direnmek için hazırlığa girişti. İngilizler Adalar'dan su almak istediyse de askerler karaya çıkartılmadı. Bir ara Kınalıada'ya çıkartma yapmak istediler, ancak Haydarpaşa'dan ve Heybeliada'dan gelenlerle birlikte Kınalıadalılar sert bir savunmaya girişti.İngiliz gemileri Kınalıada'yı topa tutmaya mecbur kaldı. Bu arada İngiliz amiralinin subay olan oğlu esir da alınmıştı. Adaların balıkçı sakinleri tekneleriyle İngiliz gemilerinin yanına sokulup Rum ateşi ile yakmaya çalışıyorlar, farkedildiklerinde de koylara kaçıyorlardı. Özellikle Heybeliadalılar'ın yaptıkları padişahın gözünden kaçmamış, bu olaydan sonra bir süre Heybeliadalılar'a vergi konusunda ayrıcalık tanınmıştır.
Adalar'ın konumu. İngiliz Donanması Heybeliada-Büyükada arasına demirlemiş ve Kınalıada'yı topa tutmuştur.
Hükümet İngiliz Amirali ile görüşmeleri askıya alırken Napolyon'dan III. Selim'e bir mektup geldi. Napolyon, İngiliz tekliflerini reddettiği için III. Selim'i kutluyor, yakında yardıma geleceğini bildiriyordu. Savunma tedbiri olarak Yedikule'den Sarayburnu'na kadar olan bölgeye toplar yerleştirildi. Kaptan-ı Derya Seydi Ali Paşa da 20 parçalık bir filoyla Beşiktaş önlerindeydi. Müslüman-Hristiyan tüm halk sahildeki kayıklara doluşmuş, savaşmak için bekleşiyordu. İngilizler artık görünen her kayıktan tedirgin olur hale gelmişlerdi. Sebastiani'nin emriyle bazı Fransız mühendisler de tabyaları güçlendirmek için Çanakkale Boğazı'na gitmişti. 1 Mart 1807 günü İngiliz Amirali ani bir kararla Adalar'dan yelken açıp İstanbul surlarının önüne geldi. Gördüğü çoktan savunma düzenine geçmiş askerler, surların üstüne dizilmiş binlerce insan ve savaşmaya hazır bir şehir oldu. İngiliz Donanması surların top menziline girmeden bir kaç volta attı, sahile yanaşmadan bir kaç top salvosu yolladı ve halkın yuha sesleri arasında güneye dümen kırıp Türk sularını terketmek üzere Marmara'ya döndü. Daha sonra surlardaki "Great Turkish Bombard" da denilen büyük Osmanlı toplarının ahşap gemilere büyük zarar verileceğinden korkulduğu söylenmiştir. İngilizler, Çanakkale'yi geçerken de ummadıkları bir topçu ateşiyle karşılaşmış; 130 ölü ve 412 yaralı vererek zar zor kendilerini Ege'ye atmıştır.
Kuşatmadan sonra...
Avrupa'da 1806-1807 yılları arasındaki Dördüncü Koalisyon Savaşları da Napolyon'un galibiyetiyle bitmiş, Erfurt Kongresi yapılmış ve Napolyon'a karşı 1809'da açılan Beşinci Koalisyon da Fransa tarafından bozuna uğratılmıştı. 1807 yılı Osmanlılar için oldukça kötü geçmiştir. Akdeniz'deki Rus Donanması Mayıs ve Haziran 1807'de Osmanlı Donanması'nı mağlup etmiş, 29 Mayıs 1807'de de Kabakçı Mustafa İsyanı patlak vermişti. III. Selim'in gerçekleştirmeye çalıştığı Nizam-ı Cedit yenilikleri Kabakçı Mustafa ve taraftarları tarafından engellenmiş ve amcası III. Selim'in yerine tahta isyancıların kuklası IV. Mustafa geçmiştir. General Sebastiani IV. Mustafa döneminde de Fransız ağırlığını hissettirmeye devam etti. Bağdat valiliğine uygun gördüğü Fransız yanlısı bir paşanın gelmesi için Bostancıbaşı'nın dokunulmazlıkları Fransa tarafından garantilenmiş üç Ragusa vatandaşını falakaya yatırmasını skandal olarak kullandı ve Saray'ı Fransa karşısında mahçup ederek Bağdat Valisi'nin kendi isteği doğrultusunda değiştirilmesini ve bostancıbaşının rütbesinin indirilmesini istedi. Ama istediği vali atanınca bostancıbaşıyı affettirdi. Daha sonra başarılarıyla Napolyon'un takdirini kazandı ve orduya çağrıldı.